কোলাজেন নির্দিষ্ট প্রোটিস দ্বারা অবনমিত হতে পারে, যেমন বায়োডিগ্রেডেবল। যেহেতু কোলাজেনের একটি আঁটসাঁট এবং দৃঢ় হেলিকাল গঠন রয়েছে, বেশিরভাগ প্রোটিসগুলি কেবল তার পাশের চেইনগুলি কেটে ফেলতে পারে। শুধুমাত্র নির্দিষ্ট প্রোটিস যেমন কোলাজেনেস এবং ইলাস্টেস কোলাজেনকে ক্ষয় করতে পারে এবং নির্দিষ্ট পরিস্থিতিতে কোলাজেন পেপটাইড বন্ধন ভেঙে দিতে পারে। একবার কোলাজেনের পেপটাইড বন্ধন ভেঙ্গে গেলে, এর হেলিকাল গঠনটি ধ্বংস হয়ে যায় এবং সম্পূর্ণরূপে ছোট আণবিক পলিপেপটাইড বা অ্যামিনো অ্যাসিডে পরিণত হয়। ছোট আণবিক পদার্থ রক্ত সঞ্চালন ব্যবস্থায় প্রবেশ করতে পারে এবং শরীর দ্বারা পুনরায় ব্যবহার বা বিপাক করা যেতে পারে। বায়োডিগ্রেডেবিলিটি হল কোলাজেনের ভিত্তি যা অঙ্গ প্রতিস্থাপনের উপাদান হিসেবে ব্যবহার করা যায়।
